Erkner liegt in waldreicher Umgebung – nördlich die Erknersche Heide, im Osten die Rüdersdorfer Heide – zwischen dem Dämeritzsee, einer Ausweitung der Spree, und dem Falkensee, in den im Stadtbereich die Löcknitz mündet. Nachbarorte sind Woltersdorf, Grünheide (Mark), Gosen-Neu Zittau und Berlin.
Die Stadt Erkner liegt innerhalb des Berliner Autobahnrings, mit Ausnahme eines kleinen Waldstückes an der Spree bei Jägerbude in ihrem äußersten Südosten. Im Süden bildet das diesseitige Ufer der Spree die Grenze, nicht die Mitte des Flusses. Im Westen gehört der äußerste Zipfel einer Halbinsel zwischen Spree und Gosener Graben zu Erkner, während der Rest von ihr zu Berlin gehört. Dieser Landzipfel auf der anderen Seite der Spree ist nur über Wasser erreichbar. Außerdem besitzt die Stadt im Westen einen schmalen Streifen Land, der südlich der Niederschlesischen Bahntrasse bis zur Erknerstraße in Wilhelmshagen verläuft. Auf diesem befindet sich eine Brunnengalerie des Wasserverbands Strausberg-Erkner.
Erkner liegt an den Landesstraßen L 30 von Rüdersdorf nach Königs Wusterhausen (Woltersdorfer Landstraße nach Norden, Neu Zittauer Straße nach Süden) und L 38 von der Berliner Stadtgrenze nach Grünheide (Berliner Straße nach Westen, Fangschleusenstraße nach Osten). An der östlichen Stadtgrenze befindet sich die Autobahn-Anschlussstelle Erkner der A 10 (östlicher Berliner Ring).
Der Bahnhof Erkner liegt an der Niederschlesisch-Märkischen Eisenbahn. Hier halten die Züge der Regional-Express-Linie RE 1 (Magdeburg –) Brandenburg – Berliner Stadtbahn –Frankfurt (Oder) (– Eisenhüttenstadt – Cottbus). Außerdem ist Erkner der östliche Endpunkt der Berliner S-Bahn-Linie S3, die von hier über Berlin Ostkreuz in die Berliner Innenstadt fährt.
Der öffentliche Personennahverkehr wird unter anderem durch den PlusBus des Verkehrsverbund Berlin-Brandenburg erbracht. Folgende Verbindungen führen, betrieben von der Busverkehr Oder-Spree und Märkisch-Oderland Bus, ab Erkner:
Linie 420: Erkner ? Woltersdorf ? Schöneiche ? Neuenhagen
Linie 950: Erkner ? Woltersdorf ? Rüdersdorf ? Strausberg
Der ZOB am Bahnhof ist der zentrale Umsteigepunkt für die Buslinien im Raum Erkner. Neben zahlreichen brandenburgischen Linien hält hier auch die Berliner Buslinie 161, die von Erkner über Rahnsdorf bis nach Schöneiche fährt.
